Comme bien souvent, la création du monastère de Shalu repose sur une légende. En effet, Chetsun Sherab Jungnay, l’un des plus grands professeurs des écritures bouddhistes, cherchait à un emplacement pour construire un temple. A l’époque encore disciple, il demanda conseil à son maître. Ce dernier lui dit de tirer une flèche et de construire le temple à l’endroit où la flèche atterrirait. Chetsun se mit donc à l’action et la flèche atterrit dans un nouveau bourgeon.
Un monastère fut donc érigé à cet endroit en 1040 et pris simplement le nom de « nouveau bourgeon », soit Shalu en tibétain.
Lors de sa construction en 1040, le monastère de Shalu avait bien sûr un style tibétain. Malheureusement, un séisme le détruisit en grande partie en 1329. Sous la direction de l’empereur mongol de la dynastie des Yuan, des nobles tibétains firent reconstruire le monastère de Shalu en 1333. Une grande partie des artisans venant d’autres provinces, l’architecture du monastère en fut alors influencée.
Ainsi le nouveau cadre architecturel du monastère de Shalu combine le style imposant mongol avec le style local tibétain. C’est l’un des rares, voir le seul monastère tibétain à avoir cette particularité architecturale.
Bien qu’aujourd’hui en piteux état, le monastère est renommé pour ses peintures murales et l’enseignement qui y est fait. Butön Rinpoche, l’un des plus grands érudits du Tibet, a énormément marqué le bouddhisme tibétain et avait établi résidence au monastère de Shalu. C’est d’ailleurs ici qu’il réunit les 108 volumes fondamentaux du bouddhisme (le Kanjur) et les 200 « traités et commentaires » bouddhistes (le Tenjur). Aujourd’hui, ces textes sacrés se trouvent encore dans les chapelles de ce monastère.
Outre ces textes, il est dit que le monastère de Shalu abrite 4 trésors :